Корень сайта это корневая папка предоставляемая провайдером, в которой и располагаются файлы вашего сайта. Именно из корня сайта выводится главная (индексная) страница сайта. У разных хостингов корневой каталог может называться по разному, у меня, к примеру, это public_html/ у некоторых это может быть www/.